Contexte
Les communautés microbiennes constituent un composant essentiel des écosystèmes, et dans les sols elles peuvent apporter les nutriments nécessaires à la croissance des plantes, voir les protéger contre les phytopathogènes. L’idée d’apporter des microorganismes extérieurs à un sol pour favoriser la croissance des cultures est séduisante, mais peine encore à devenir une réalité économique.
Objectifs
La question est d’étudier comment l’apport de microorganismes exogènes est toléré ou pas par le microbiote d’un sol, et s’il est possible de prévoir cette réponse. Pour cela, nous utiliserons les technologies de millifluidique développées au laboratoire, pour sonder la réponse de différents sols agricoles. En parallèle, la possibilité récente de former des communautés modèles en laboratoire [Goldford 2018] permettra d’étudier directement les mécanismes d’équilibre de ces microbiotes, en complément d’analyse métagénomique [Machado 2021].
A côté de la compréhension fondamentale de la dynamique des communautés microbiennes, l’objectif à terme serait de développer des outils d’aide à la décision pour l’agriculteur, pour savoir si un type de sol est permissif aux phytopathogènes ou pas, et quelle dose amener de microorganismes pour améliorer le rendement de ses cultures.
Le projet est soutenu et financé par l’IPGG.
Goldford, J.E., Lu, N., Bajić, D., Estrela, S., Tikhonov, M., Sanchez-Gorostiaga, A., Segrè, D., Mehta, P., and Sanchez, A. (2018). Emergent simplicity in microbial community assembly. Science 361, 469–474.
Machado, D., Maistrenko, O.M., Andrejev, S., Kim, Y., Bork, P., Patil, K.R., and Patil, K.R. (2021). Polarization of microbial communities between competitive and cooperative metabolism. Nat. Ecol. Evol. 5, 195–203.
Profil
Le sujet peut être abordé sous différents angles, nous sommes donc ouverts à des profils variés (microbiologie, microfluidique, chimie analytique, bioinformatique, physique, écologie…), mais un niveau minimum en programmation informatique sera demandé.
Contact
Candidatures (lettre de motivation et cv) à transmettre par courrier électronique à : jean.baudry@espci.fr